رسالت مرکز با تاکید بر حوزه تخصصی

• توجه ویژه به پژوهش با هدف حل مشکلات نظام سلامت در کشور و منطقه
• بهینه‌سازی پژوهش‌ها در راستای نیازهای حال و آینده کشور
• به کارگیری دانش تولید شده  به راهبردهای عملی و بومی
• طراحـی و اجـرای پژوهشهـای پایـه در مـرز دانـش و با همکاری با سایر مراکز پژوهشی بـا هـدف توسـعه فنـاوری در حوزه تخصصی بیماری های گوارش
• طراحـی و اجـرای پژوهشهـای بالینـی با بالاترین اعتبار با هدف یافتـن موثرتریـن روشهای تشخیص و درمان در حوزه تخصصی بیماری های گوارش
• طراحـی و اجـرای پژوهشهـای جمعیتـی با بالاترین اعتبار با هدف یافتـن عوامل خطر بیماری ها در حوزه تخصصی بیماری های گوارش
• ارتقـاء کیفـی محصولات پژوهشـی و انجام پژوهشهای کاربردی در حوزه تخصصی با هدف تأمین شـواهد معتبر جهت سیاسـتگذاری کلان در حوزه سلامت
• بهینه سازی، تضمین کیفیت، و روز آمد کردن خدمات بالینی در بیماری های گوارش
• تولید و انتشار دانش پزشکی، دستاورد های پژوهشی و تولیدات علمی با کیفیت
• فراهم کردن فرصت‌های آموزشی و پژوهشی برای رده‌های مختلف فراگیران در بیماری های گوارش( دانش آموختـگان مقاطع دکتـرای حرفه ای و تحصیلات تکمیلی و دکترای پژوهشی)
• تجاری سازی فعالیتها  
• گسترش همکاری‌ با سایر مراکز تحقیقاتی و سازمان‌های بهداشتی در سطوح مختلف ملی، منطقه‌ای، و بین‌المللی
• آگاهـی بخشـی عمومـی در زمینـه خدمات پیشـگیری، تشـخیصی و درمانـی مبتنی برشواهد علمی